Por decreto de la Junta de Gobierno del 7 de febrero de 1983 todas las carreras de Ingeniería y Arquitectura que se encontraban dispersas en universidades estatales y privadas, forman la UNI. 

Estando como Rector el Ing. Juan Sánchez, se funda (1986) el primer programa especializado en Medio Ambiente denominado Ingeniería Ambiental (INGAM)  lo que ahora posterior a varias etapas de desarrollo es ahora es el Centro de Investigación y Estudios en Medio Ambiente (CIEMA).

Se inicia con la Maestría en Ingeniería Ambiental, primer postgrado en medio ambiente que se desarrolla en el país, iniciando sus cursos propedéuticos en 1986 y en marzo 1987 la ejecución del primer ciclo académico.

En elmarco del Decenio Internacional de Agua y Saneamiento (DIAP) en la década de los años 80´ El Instituto Nicaragüense de Acueductos y Alcantarillados (INAA) en ese entonces bajo la gestión del Dr. Ottoniel Arguello motivado por la capacitación especializada en el campo de la ingeniería sanitaria que había estado desarrollando en sus profesionales contratados, diseña el proyecto educativo de la Maestría en Ingeniería Ambiental y se encarga del estudio de mercado, diseña el plan de estudio, aprobación ante el CNES1 y la gestión de la firma del convenio de ejecución con la UNI. Además aporta aspectos relevantes para definir líneas de investigación y esquema de la estructura necesaria. En éste período fue fundamental el apoyo que brindó el INAA con su personal especializado,  así como la asesoría de la Organización Panamericana de la Salud (OPS).

En 1986, se concretiza esta idea, se firma convenio con la UNI y el INAA sugiere al MSC. Sergio Vado2 como Director que estaría a cargo del desarrollo y gestión del postgrado, y la OPS asigna un Master en Ingeniería ambiental como asesor.

La OPS, estando como representante el Dr. Miguel Marquez financia el fortalecimiento y construcción de toda la infraestructura para que funcionara como programa, incluyendo áreas para laboratorio, salas de clase, salas de estudio, sala para profesores e investigadores, cafetería, servicios sanitarios, área para computadoras, centro de documentación y áreas administrativas3 etc.

De la UNAN  (1985) se traslada un equipo de 4 personas4, ubicados en el Laboratorio de agua de la carrera de Ingeniería civil y algunos equipos de laboratorio  entre ello una incubadora, un contador de colonias, un microscopio, un fotómetro de llama, una balanza un digestor kjeldall, un equipo de jarras. Prácticamente los equipos antiguos y en mal estado.

Se unen al esfuerzo de INAA y la OPS, la Universidad Técnica de Delft (Holanda) que dona e instala los laboratorios de Microbiología, Físico-Químico, Procesos Unitarios y Un Cromatógrafo de Gases.  A la par, envía un equipo de dos personas de alto nivel para el acompañamiento de la academia.

Posteriormente en el año 1995 acciones en el fortalecimiento de Laboratorios se une Suiza, con el convenio del Proyecto Swiss Contac y se funda el Laboratorio de Aire. En el año 2003 España con el Equipo de Absorción Atómica.

En la actualidad el CIEMA  se encuentra en proceso de crecimiento por gestion del personal academico.